我国为保护耕地，要求农用地转为建设用地的，均应办理农用地转用审批手续。现实中有些单位和个人在农用地转用审批手续下达前就开始占用耕地建设建筑物、构筑物或者从事非农业建设。这种情况下，耕地占用税该怎么缴纳呢?本文通过一个案例进行分析。

甲公司因新建厂房需占用耕地，于是向乙县政府申请A 地块的土地使用权，乙县政府以自己的名义逐级上报省政府，申请办理A 地块农用地转建设用地手续。在此期间，甲公司未经批准占用了A 地块修建厂房，并向税务机关申报缴纳了耕地占用税。厂房修建完成后几年，省政府批复了乙县政府A 地块农用地转建设用地的申请，乙县政府向税务机关申报缴纳了A 地块涉及的耕地占用税，并将其出让给甲公司。此时甲公司认为乙县政府是A 地块的耕地占用税纳税人，遂向税务机关提出退税申请。税企双方发生了争议，如何处理呢?

要解决这个问题，我们必须厘清以下几点：

●首先，甲公司是耕地占用税纳税人吗?根据《中华人民共和国土地管理法》(以下简称《土地管理法》)规定，建设占用耕地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续;因建设项目施工和地质勘查需要临时使用土地的，应由自然资源主管部门批准。因此，在我国要占用耕地从事非农业生产，必须履行相应的审批手续，否则实质上为非法占地。甲公司虽然向相关部门提出A 地块的用地申请，但在申请尚未批准前就占用耕地从事非农业生产，为非法占用耕地。《中华人民共和国耕地占用税法》(以下简称《耕地占用税法》)规定，在我国境内占用耕地建设建筑物、构筑物或者从事非农业建设的单位和个人，为耕地占用税的纳税人。《中华人民共和国耕地占用税法实施办法》(以下简称《耕地占用税法实施办法》)第二条第二款规定，未经批准占用耕地的，纳税人为实际用地人。虽然甲公司为非法占用耕地，但仍属于耕地占用税的纳税人，应该就其占用A 耕地的行为缴税。

●其次，乙县政府是耕地占用税的纳税人吗?依照《土地管理法》规定，甲公司在非法占用A 地块后，自然资源部门应限期拆除其在土地上新建的建筑物和其他设施，并要求其恢复土地原状;对于符合土地利用总体规划的，可以没收土地上新建的建筑并处罚款。在该案中，省政府批复了乙县政府A 地块农用地转建设用地的申请，但此时A 地块已被甲公司非法占用多年，在履行相关手续后乙县政府把A 地块出让给了甲公司，使甲公司合法拥有了A 地块的土地使用权。在甲公司违法占地期间，乙县相关部门并没有对甲公司的违法占地行为进行处理，乙县政府在取得A 地块转用批复文件时，A 地块事实上已经是建设用地，故不满足耕地占用税的征税条件，所以乙县政府不是耕地占用税的纳税人，无需缴纳耕地占用税。若在甲公司违法占地期间，乙县相关部门对其违法行为进行了处理，并要求其恢复土地原状，则乙县政府在取得农用地转用批文后对土地进行收储再出让，应该缴纳耕地占用税。

●最后，耕地占用税在什么情况下可以退还?《耕地占用税法》明确，纳税人在批准临时占用耕地期满之日起一年内依法复垦，恢复种植条件的，全额退还已经缴纳的耕地占用税。《耕地占用税法实施办法》规定，因挖损、采矿塌陷、压占、污染等损毁耕地行为发生之日起三年内依法复垦或修复，恢复种植条件的，可以全额退还已经缴纳的耕地占用税。很显然，甲公司占用A 地块时属于非法占地，不满足退税的条件。但若甲公司因违反《土地管理法》相关规定，被要求恢复该地块土地原状，即使其按要求恢复了A 地块的种植条件，仍因不满足退还耕地占用税的条件，不能退税。

综上，本案税务机关不能退还甲公司已经缴纳的耕地占用税，而应将乙县政府缴纳的耕地占用税全额退还。